Πολλές και ποικίλες είναι οι εκκρεμότητες των ενοποιήσεων, όπως έχουν καταγραφεί από τις αρμόδιες υπηρεσίες της Γενικής Γραμματείας Κοινωνικών Ασφαλίσεων.
Οσον αφορά στα Λογιστήρια δεν έχει ολοκληρωθεί η on-line σύνδεση με τα επιμέρους λογιστήρια των τομέων.
Στην ουσία δεν υπάρχει καθημερινή on-line απεικόνιση εισόδων-εξόδων ολόκληρου του ταμείου ακόμα και σε μεγάλους ασφαλιστικούς φορείς.
Απαιτείται η σύνταξη ενιαίου λογιστικού σχεδίου, κοινού για όλα τα ασφαλιστικά ταμεία, προκειμένου να είναι δυνατή η παρακολούθησή τους από τον κεντρικό φορέα.
Το πρόβλημα με την κατάρτιση και κατάθεση ισολογισμών συνεχίζει να υφίσταται και να είναι ιδιαίτερα έντονο.
Ενα μεγάλο μέρος των ταμείων και των επιμέρους τομέων έχουν κλείσει ισολογισμούς για το 2007 και μερικοί έχουν ολοκληρώσει και το 2008.
Υπάρχουν όμως και τα ταμεία που, παρά τις επανειλημμένες οχλήσεις, δεν έχουν ανταποκριθεί.
Τέτοια παραδείγματα είναι το ΙΚΑ ΕΤΑΜ, που μόλις ολοκλήρωσε τον απολογισμό του 2006, το ΕΤΑΑ ΤΣΑΥ που κατέθεσε τελευταίο ισολογισμό 2001, το ΕΤΑΑ ΤΣΜΕΔ με τελευταίο ισολογισμό πριν από τρία έτη, το ΤΕΑΙΤ ΤΕΑΥΕΚ με τελευταίο ισολογισμό το 2003.
Επίσης δεν έχουν ολοκληρωθεί οι ενιαίοι κανονισμοί οικονομικής και λογιστικής λειτουργίας των νέων ταμείων και όσοι έχουν ετοιμαστεί δεν έχουν εγκριθεί από τη Γενική Γραμματεία Κοινωνικών Ασφαλίσεων.
Η μηχανογράφηση ταμείων είναι μία από τις μεγαλύτερες πληγές του συστήματος. Εάν δεν μηχανογραφηθούν τα μητρώα ασφαλισμένων δεν μπορεί να μειωθεί ο χρόνος απονομής των συντάξεων και λοιπών παροχών.
Δεν έχουν ακόμα καταρτιστεί από τα ταμεία Ενιαίοι Κανονισμοί Υγείας. Μόνο το ΕΤΑΠ ΜΜΕ έχει ολοκληρώσει τη διαδικασία.
Σύμφωνα με το νόμο 3655/2008 είναι υποχρεωτικές οι συμβάσεις με όλους τους παρόχους υγείας και μάλιστα πρέπει να είναι ενιαίες για όλους τους τομείς του ταμείου.
Εχει ξεκινήσει η διαδικασία, έχουν γίνει προκηρύξεις στις εφημερίδες, αλλά δεν έχουν ακόμα ολοκληρωθεί. Ομως πρέπει να γίνουν με οικονομικά και ποιοτικά χαρακτηριστικά.