Οι έλεγχοι για τις επιστροφές ΦΠΑ αγροτών, θα ξεκινήσουν κατά προτεραιότητα από όσους ζητούν ποσά πάνω από 10.000 ευρώ, σύμφωνα με εγκύκλιο του υπουργείου Οικονομικών.
Σε περίπτωση που προκύψει ότι περιλαμβάνονται εικονικά ή πλαστά φορολογικά στοιχεία ή υπάρχουν υπόνοιες ότι τα ποσά που αναγράφονται δεν ανταποκρίνονται σε πραγματικές συναλλαγές, θα εκδίδεται εντολή να διενεργηθεί και φορολογικός έλεγχος.
Ο κάθε έλεγχος θα πρέπει να ολοκληρώνεται το αργότερο εντός τετραμήνου από την υποβολή της αίτησης επιστροφής, ενώ η απόφαση θα εκδίδεται σε ένα μήνα από την ολοκλήρωση του ελέγχου.